Từ năm 2017 hiện có các nhà cung cấp dịch vụ hóa đơn điện tử phát triển ở hai hình thức là Web app (sử dung bằng trình duyệt web) và Window application (phần mềm). Tiêu biểu với các đơn vị:
| Web | Phần mềm |
| Viettel | Thái Sơn |
| BKAV | TS24 |
| VNPT | |
| Evat |
Một số điểm khác nhau giữa Web app và Window Application
| Web app | Window Application (Phần mềm) | |
| Kiến trúc sử dụng | Đa tầng (user client, database và server) | Hai tầng (giữa client và Server) |
| Số lượng người dùng | Nhiều user cùng một lúc (có nhiều tài khoản user) | Chỉ một user tại một thời điểm (thường chỉ có một tài khoản user) |
| Tính tương tác | Dễ sử dụng, giao diện thân thiện với người dùng | Khó thao tác, mất thời gian làm quen |
| Hệ thống thiết bị | Chạy bất kỳ máy tính (sử dụng trên mọi trình duyệt internet) | Thực thi trên một máy tính cá nhân cụ thể |
| Chia sẽ dữ liệu | Nhanh chóng tiện lợi, có thể xem lại dữ liệu cũ ở bất cứ đâu | Hệ thống thường là một user |
| Lưu trữ dữ liệu | Lưu trên server, không lo mất dữ liệu | Lưu trên máy, nếu có sự cố sẽ mất dữ liệu, mất thời gian phục hồi |
| Nâng cấp phiên bản | Cập nhật nhanh chóng | Cần nhiều thời gian hơn |
| Bảo mật | Kiến trúc bảo mật phức tạp | Kiến trúc bảo mật đơn giản |
* Lưu ý: Khi chọn nhà cung cấp dịch vụ Hóa đơn điện tử, cần chú ý nếu đơn vị đó cũng là nhà sản xuất Chữ Ký Số hoặc cung cấp độc quyền một thương hiệu Chữ Ký Số, thì cần trao đổi rõ về sự tương thích của Hóa Đơn Điện Tử với Chữ Ký Số mà doanh nghiệp dự định sử dụng để ký Hóa Đơn Điện Tử.